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La cuenca hidrográfica del río Elqui forma parte de la IV Región de Coquimbo, abarcando la provincia de Elqui y las comunas de La Serena, Andacollo, Paiguano y Vicuña. Se extiende desde la latitud 29º18 por el norte hasta la latitud 30º26 por el sur, con una extensión de 9.826 km2, equivalente al 24% de la superficie regional.
La cuenca del río Elqui es la fuente de abastecimiento de agua potable para las principales ciudades de la Provincia, La Serena y Coquimbo, que significa un consumo diario promedio anual de 700 l/s desde una bocatoma ubicada en el sector Las Rojas, que abastece una planta de tratamiento de propiedad de la Empresa Aguas del Valle.
Otras localidades como Vicuña y Paiguano obtienen aguas desde pozos profundos cuya recarga proviene de la misma cuenca. La misma situación se repite en los 26 Comités de Agua Potable Rural (APR) abasteciendo con agua a cerca de 30.000 personas de localidades rurales que se ubican mayoritariamente en las inmediaciones del cauce.
Este río sustenta una variada flora y fauna silvestre que utiliza a este curso de agua como hábitat y nichos de relevancia para sus actividades de reproducción y alimentación. Sin embargo, no se cuenta con un levantamiento exhaustivo de las especies de flora y fauna silvestres que habitan la cuenca del río Elqui y su entorno, por lo que no se conoce el estado de sus poblaciones y si éstas se encuentran en alguna categoría de conservación. Respecto de la fauna íctica, se han registrado las siguientes especies nativas: Basilichthys microlepidotus, Cauque brevianalis y Galaxias maculatus. Además, existe la presencia de fauna íctica introducida: Oncorhynchus mykiss y Salmo trutta en los afluentes superiores, ríos La Laguna, Claro, Ingahuaz, Estero Derecho y Cochiguaz.
Los asentamientos humanos, en general, se emplazan próximos a los cauces de los ríos Elqui, Claro y Turbio. La población urbana asociada a la cuenca se contabilizó en 170.000 habitantes el año 2002. La Serena, el centro urbano más importante, se emplaza en la costa, en la desembocadura del río Elqui. Esta ciudad, capital de la Región de Coquimbo, concentra un número importante de población y servicios básicos, además constituye un centro cultural y turístico de la cuenca y la región. Al interior se emplazan otros asentamientos humanos con importante porcentaje de población urbana, las localidades de Vicuña y Andacollo, localizadas en la parte alta del río Elqui y al sur de la cuenca respectivamente.
Las principales actividades económicas que se desarrollan en la cuenca corresponden a la agricultura y minería. La actividad agrícola tiene como principales cultivos: uva pisquera, uva de mesa, cítricos (mandarinos, naranjos, limoneros), papayos, chirimoyos, hortalizas de invierno y verano (principalmente papas), y en el último tiempo, paltos y uva vinera. Lo cual ha dado origen a plantas deshidratadoras y de producción de vinos y licores, como: pisco y aguardiente; y una importante actividad de exportación, con plantas embaladoras de frutas y frigoríficos. En la zona se observa también actividad ganadera, de ganado caprino principalmente, bovinos y caballares.
La cuenca del río Elqui no posee áreas bajo protección oficial pertenecientes al Sistema Nacional de Áreas Silvestres Protegidas por el Estado. El Libro Rojo de la CONAF (2001) definió para la cuenca los siguientes sitios prioritarios para la conservación de la biodiversidad: Sector costero al norte de La Serena; Condoriaco; Llanos de Guanta - Cordillera de Doña Ana; Estero Derecho, aguas arriba de Alcoguaz, Quebrada El Arrayán en las comunas de Vicuña y Andacollo. La Estrategia Regional de Biodiversidad priorizó en esta cuenca los siguientes sitios: Sector costero desde el estero El Culebrón hasta Laguna Saladita; Sendero Turístico Quebrada Santa Gracia; Sector costero al Norte de La Serena y Vegas de Tambo, en la subcuenca del río Vacas Heladas.
Por las características descritas se hace necesario dotar de los instrumentos normativos y de gestión necesarios, que permitan avanzar en la conservación y/o recuperación de la calidad de los recursos hídricos de la cuenca del río Elqui, cautelando de esta manera su desarrollo sustentable. Las normas secundarias de calidad, que aquí se establecen, se construyeron sobre la base de la calidad actual, calidad natural, usos actuales y usos potenciales de las aguas de la cuenca del río Elqui.
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